Browsing by Author "Özbey, Doğukan"

Now showing 1 - 6 of 6

Citation Count: 2
Bruselloz Şüpheli Olgularda Brusella Seropozitifliğinin Araştırılması: Dört Yıllık Retrospektif Bir Değerlendirme
(2019) Mehmet DEMİRCİ; Bekir Sami KOCAZEYBEK; Hrisi Bahar TOKMAN; Doğukan ÖZBEY; Aykut KURT; Zeynep TANER; Harika Öykü DİNÇ; Tıbbi Mikrobiyoloji / Medical Microbiology
Amaç: Brucella cinsi bakterilerle oluşan bruselloz, sistemik bir enfeksiyon hastalığı olup dünyanınbirçok ülkesinde yaygın olarak saptanmakta ve ülkemizde de oldukça sık görülmektedir.Çalışmamızın amacı, İstanbul ve çevre illerdeki yerleşim bölgelerinden dört yıllık dönemde bruselloz kuşkusu ile merkezimize başvuran 6.045 olgudan alınan serum örneklerinde bruselloz serolojikgöstergelerini retrospektif olarak değerlendirmek ve sonuçları yine merkezimizde 2005-2011 yılları arasında gerçekleştirilmiş çalışmanın verileriyle karşılaştırarak değişkenlikleri irdelemektedir.Yöntem: Çalışmamıza Mart 2013- Mart 2017 tarihleri arasında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa,Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı Seroloji/ELISA birimine gönderilen bruselloz şüpheli olgulara ait serum örnekleri dahil edilmiştir. Örneklerden Brucella SerumAglütinasyon (SAT), Coombs’lu Wright (CT) ve Rose-Bengal (RB) testleri yapılmıştır.Bulgular: Dört yıllık değerlendirme sonucunda, bruselloz şüpheli 6045 olgunun 107 (%1.8)’siseropozitif, 5938 (%98.2)’i seronegatif bulunmuştur. Brusella seropozitif 107 olgunun 73 (%68.2)’üRB ve SAT ile eş zamanlı pozitif bulunmuş, 34 (%31.7) olgu ise RB ve SAT test sonuçları arasındauyumsuzluk görülmesi nedeniyle, CT sonucuna göre brusella seropozitif olarak belirlenmiştir.Brusella seropozitiflik oranı kadınlarda (%58) erkeklere (%42) göre daha yüksek olsa da istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. Olguların %28’inde aile içi aynı kaynaktan bulaş,%48’inde kırsal kesimde yaşama öyküsü saptanmıştır.Sonuç: Verilerimizin retrospektif değerlendirmesi sonucunda, bu çalışmada İstanbul ve çevre illerinde saptadığımız bruselloz seropozitiflik oranı (%1.8), aynı merkezde bir önceki dönem elde edilenorana göre (%3) düşük bulunmuştur. Bruselloz seropozitifliğinin oransal düşüklüğünde, son yıllardagörsel ve yazılı iletişim araçlarındaki artışla hayvansal kaynaklı beslenme konusunda daha bilinçli vehijiyen kurallarına uyan insan kitlelerindeki artışın rolü olabileceğini düşünmekteyiz.
Citation Count: 2
Comparison of SARS-CoV-2 Antibody Levels after a Third Heterologous and Homologous BNT162b2 Booster Dose
(Mdpi, 2022) Gareayaghi, Nesrin; Demirci, Mehmet; Ozbey, Dogukan; Dasdemir, Ferhat; Dinc, Harika Oyku; Balkan, Ilker Inanc; Kocazeybek, Bekir; Tıbbi Mikrobiyoloji / Medical Microbiology; Tıbbi Mikrobiyoloji / Medical Microbiology
This study aimed to determine the anti-S (receptor binding protein) RBD IgG antibody titers formed against Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV2) and the neutralizing antibody inhibition percentages (nAb IH%) in blood samples taken after two doses of inactive or mRNA-based vaccine and a booster dose. Volunteers with two doses of inactivated CoronaVac (heterologous group; n = 75) and BioNTech (BNT)162b2 mRNA vaccine (homologous group; n = 75) were included in this study. All participants preferred the BNT162b2 vaccine as a booster dose. First, peripheral blood samples were taken 3 months after the second vaccine dose. Second, peripheral blood samples were taken 1 month after the booster dose. Anti-S-RBD IgG titers were determined by CMIA (SARS-CoV-2 IgG II Quant). Neutralizing antibodies were detected by a surrogate neutralization assay (SARS-CoV-2 NeutraLISA, Euroimmun, Lubeck, Germany). The median age of the volunteers was 40 (IQR 29-47) years old. After the heterologous booster dose, anti-S-RBD IgG levels and neutralizing antibodies increased approximately 50-fold and 9-fold, respectively. Anti-S-RBD IgG titers increased by 9 and 57 times, respectively, while nAb IH% increased by 1.5 and 16 times, respectively, among those with heterologous reminder doses and those with and without a prior history of coronavirus disease (COVID-19). This study showed that after the administration of a heterologous booster dose with BNT162b2 to those whose primary vaccination was with inactivated CoronaVac, the binding and neutralizing antibody levels were similar to those who received a homologous BNT162b2 booster dose. It was observed that the administration of heterologous and homologous booster doses resulted in the development of similar levels of neutralizing antibodies, independently from a prior history of COVID-19.
Citation Count: 2
Evaluating the effectiveness of anti-tuberculosis treatment by detecting Mycobacterium tuberculosis 85B messenger RNA expression in sputum
(Elsevier Science London, 2020) Atahan, Ersan; Saribas, Suat; Demirci, Mehmet; Akkus, Seher; Satana, Dilek; Ziver, Tevhide; Balikei, Ahmet; Tıbbi Mikrobiyoloji / Medical Microbiology
Background: The antigen 85 complex (85B) is secreted in large quantities from growing mycobacteria and the presence of bacterial mRNA is an indicator of cell viability. The quantitative detection of 85B mRNA expression levels can be used to assess the success of anti-tuberculosis treatment outcomes to detect viable mycobacteria cells. Therefore, we evaluated the levels of 85B mRNA of Mycobacterium tuberculosis strains in patients with pulmonary tuberculosis. Methods: Thirty patients with primary tuberculosis were included in this study. The sputum specimens of patients were collected on days 0, 15, and 30 days and were cultured and evaluated by 85B mRNA-based RT-qPCR. Results: Overall, 23 of the studied tuberculosis strains were susceptible to the primary anti-tuberculosis antibiotics used in this study, 7 were resistant. By the 30th day of treatment, 85B mRNA was detected in only one of the susceptible strains, but in all 7 of the resistant strains, though the relative gene expression varied between the strains. This difference between the susceptible and resistant strains at day 30 was statistically significant (p < 0.05). Conclusion: 85B mRNA expression levels could be used to follow up on primary tuberculosis cases. 85B mRNA seems to be a good diagnostic marker for monitoring anti-tuberculosis treatment outcomes. (C) 2020 The Author(s). Published by Elsevier Ltd on behalf of King Saud Bin Abdulaziz University for Health Sciences.
Citation Count: 4
İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi 2015-2018 Dönemi HIV Tarama ve Doğrulama Verilerinin Seroepidemiyolojik Değerlendirilmesi
(2019) Bekir KOCAZEYBEK; SERHAT SİREKBASAN; Harika DİNÇ; Nesrin GAREAYAGHİ; Doğukan ÖZBEY; Tıbbi Mikrobiyoloji / Medical Microbiology
Ocak 2015-Aralık 2018 yılları arasında İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa Cerrahpaşa TıpFakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Merkez Laboratuvarı Seroloji/ELISA Birimi’ne; ameliyat öncesiserolojik tarama amacıyla ya da HIV enfeksiyonu şüphesiyle başvuran olguların retrospektifolarak HIV tarama ve doğrulama test sonuçlarının demografik verileri ile birlikte irdelenmesi amaçlanmıştır. Ayrıca merkezimizin bir önceki dönemine ait verileriyle HIV seroprevalansının karşılaştırılması amaçlanmıştır.HIV-1/2 antikor+P24 antijen (HIV-1/2 Ab/Ag) rutin olarak ELISA yöntemiyle ve ikinci tekrartesti olarak kemilüminesans immunoassay (CLIA) yöntemi ile araştırılmıştır. HIV-Ab/Ag testiile tekrarlayan reaktiflik saptanan serumların doğrulaması Line Immunoassay (LIA) yöntemiyle yapılmıştır.Retrospektif olarak dört yıllık dönemde incelenen 144,256 olgunun 366’sında (% 0.25) antiHIV-1/2 tekrarlayıcı reaktiflik gözlenmiştir. Tekrarlayan reaktiflik gösteren serum örneklerinden, daha önce doğrulanmış olanlar hariç tutularak 180 serum örneğinde doğrulamakamacı ile LIA testi çalışılmış ve 158 (% 87.8)’inde pozitiflik saptanmıştır. Bu örneklerin tamamında sgp120 ve gp41 bant pozitifliği ile HIV-1 olduğu doğrulanmıştır.Merkezimizden dört yıllık dönemde retrospektif olarak elde ettiğimiz HIV seroprevalanssonuçları, ülkemizden bildirilen diğer çalışmalarınkine yakın oranlarda bulunmuştur.İstanbul gibi kozmopolit ve göç alabilen bir bölgedeki HIV artış oranı, merkezimizden birönceki döneme ait elde edilen % 0.06 prevalans oranına kıyasla daha yüksek bulunmuştur
Citation Count: 2
İÜ-C Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi’ne Başvuran Hastalarda, 2013-2018 Yılları Arasında Toxoplasma gondii, Rubella ve Sitomegalovirus Seropozitifliği ile Avidite Test Sonuçlarının Retrospektif Olarak Değerlendirilmesi
(2020) Bekir Sami KOCAZEYBEK; Seher AKKUŞ; Sevgi ERGİN; Doğukan ÖZBEY; Esra DEMİR; Harika Öykü DİNÇ; Tıbbi Mikrobiyoloji / Medical Microbiology
Amaç: Bu çalışmada, Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Seroloji/ELISA Laboratuvarı’naOcak 2013-Aralık 2018 yılları arasında çeşitli klinik endikasyonlar nedeniyle gönderilen Toxoplasma gondii,rubella ve Cytomegalovirus (CMV) enfeksiyonu şüpheli yada gebelik izlemiyle ilgili rutin kontrol amaçlı olguların serum örneklerinde IgM ve IgG antikor seropozitifliği ile IgG avidite test sonuçlarının retrospektif olarakdeğerlendirilmesi amaçlandı.Yöntem: 2013-2018 yılları arasında İÜ-C Cerrahpaşa Tıp Fakültesi Hastanesi’ne başvuran 84.807 hastaya aitserum örneklerinde immun capture ELISA yöntemi ile çalışılmış T. gondii, rubella ve CMV IgM antikorları veindirekt ELISA yöntemiyle saptanan T. gondii, rubella ve CMV IgG antikorları değerlendirildi. Ayrıca indirektELISA yöntemi ile T. gondii, rubella ve CMV IgG avidite test incelemesi yapılan 916 olgunun IgG avidite testsonuçları irdelendi.Bulgular: Çalışmamızda, T. gondii, rubella ve CMV için IgM/IgG pozitifliği sırasıyla %2.2/%97.8, %0.24/%99.7ve %3.1/%94 olarak saptanmıştır. IgM ve IgG pozitif olan, her üç etkene dönük avidite indeks testi istenenolgu sayısı 274 (%30) olup, T. gondii, rubella ve CMV için düşük avidite indeksi saptanma oranı sırasıyla, 44(%16), 9 (%3.2) ve 8 (%2.9)’dir.Sonuç: Çoklu moleküler testler yetişkinlerde görülen solunum yolu enfeksiyonlarında viral etkenlerin rolünündaha iyi anlaşılmasını sağlamaktadır. Bu enfeksiyonlarda etkene yönelik tanıyla viral ajanın tespitinin, doğrutedavi uygulaması ile antibiyotiklerin gereksiz kullanımını engellemekte yararlı olacağı ve enfeksiyon kontrolönlemleri için hızlı ve doğru yönetim kararlarının alınmasını sağlayacağını düşünmekteyiz.
Citation Count: 0
The Role of Akkermansia muciniphila and Faecalibacterium prausnitzii in the Pathogenesis of Ulcerative Colitis and Crohn's Disease
(Clin Lab Publ, 2024) Kurt, Enes A.; Demirci, Mehmet; Ozbey, Dogukan; Gareayaghi, Nesrin; Eskazan, Tugce; Erzin, Yusuf Z.; Kocazeybek, Bekir; Tıbbi Mikrobiyoloji / Medical Microbiology; Tıbbi Mikrobiyoloji / Medical Microbiology
Background: Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC) are inflammatory bowel diseases with uncertain etiology. We aimed to determine the amounts of Akkermansia muciniphila and Faecalibacterium prausnitzii in the intestinal microbiota of these patients and to correlate their amounts with blood IL-8, IL-10, and IL-12 cytokine levels. Methods: Thirty UC, 30 CDs, and 46 healthy controls were included. IL-8, IL-10, and IL-12 levels of blood samples were analyzed by ELISA. The amounts of Akkermansia muciniphila and Faecalibacterium prausnitzii were determined by the LightCycler 480 qPCR system. Results: F. prausnitzii, A. muciniphila, IL-10, and IL-12 decreased in patient groups, while IL-8 decreased in UC but increased in CD. A significant difference was detected between the patient and control groups in terms of F. prausnitzii, A. muciniphila, and IL-8, but not for others. The amount of F. prausnitzii was correlated with IL-8 and IL-10 in UC and with IL-10 in CD patients. Conclusions: The decrease in the amount of F. prausnitzii was associated with the increase in UC disease severity. A. muciniphila and F. prausnitzii were detected in lower amounts in both diseases. F. prausnitzii decreased more with the severity of UC, suggesting that these bacteria may have complex roles in their etiopathogenesis.