Browsing by Author "Özkan, Didem"

Now showing 1 - 8 of 8

AKUT MİYELOİD LÖSEMİDE SWITCH/SUKROZ FERMENTE EDILEMEZ KROMATİN YENİDEN ŞEKİLLENDİRME KOMPLEKSİNİN GENOMİK GÖRÜNÜMÜ
(2024) Ozkan, Didem Torun; Akın, Dilara Fatma
SWI/SNF kromatin yeniden modelleme kompleksi, hematopoietik kök hücrelerde hücre bakımı ve farklılaşma gibi süreçler için gerekli olan gen ekspresyonunun düzenlenmesinde görev alır. Hematolojik süreçlerin homeostazında yer alan SWI/SNF kompleksi alt birimlerindeki değişiklikler hematolojik malignitelerin başlamasına veya ilerlemesine katkıda bulunmaktadır, ancak bu fenotipin arkasındaki mekanizmalar tam olarak açıklanmamıştır. Çalışmada, SWI/SNF kompleksini oluşturan genlerde mutasyonların ve ekspresyon profilinin biyoinformatik araçları kullanılarak kapsamlı belirlenmesi amaçlanmıştır. AML kohortuna (n:872) ait genom dizileri ve ifade profillerine biyoinformatik araçlar aracılığı ile elde edilmiş ve analiz edilmiştir. Kompleksin alt ünitelerini kodlayan 9 gende ARID1A, ARID1B, SMARCA2, SMARCA4, SMARCE1, SMARCB1, DPF2, PMBR1 ve BCL7A belirlenen mutasyonların AML patogenezinde onkojenik/patojenik etkilerinin tahmini PolyPhen-2, SIFT ve Mutation Assessor araçları kullanılmıştır. Mutasyona uğrayan proteinlerinin fonksiyenel etkilerini anlamak için STRING aracı ile analiz gerçekleştirilmiştir. Mutasyon profili değil aynı zamanda mutasyon varlığının gen ifadesi ve sağ kalım üzerine etkileride değerlendirilmiştir. 9 gende 9 yanlış anlam, 6 çerçeve kayması mutasyon, 1 splize bölge ve 1 füzyon mutasyonu olmak üzere toplam 17 genetik anormallik belirlenmiştir. AML kohortunda ARID1A, ARID1B, SMARCA2 ve PMBR1 ekspresyon seviyelerin hasta grubunda sağlıklı gruba yüksek ve istatistiksel olarak anlamlıdır (p<0.01). Düşük ve yüksek gen ekspresyon profillerine göre yapılan sağ kalım analizi sonuçlarımızda bir farklılık görülmemiştir. STRING analizinde, hedef genlerimizin, hücre döngüsü kontrolünde görev alan PHF10 ile fonksiyonel ilişkileri bulunduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, sonuçlarımız, ARID1A, ARID1B, SMARCA2, SMARCA4 ve PBRM1’de tespit ettiğimiz mutasyonlarının, SWI/SNF kromatin yeniden modelleme komplekslerinin fonksiyonunu bozarak AML patogenezi sırasında farklı kromatin ortamlarını içeren farklı hücresel yolları indükleyebileceği/inaktive edebileceğini düşündürmektedir.
Beta-lactam antibiotic-induced thrombocytopenia: MYH9 & TUBB1 genes
(Bayrakol Medical Publisher, 2022) Ozkan, Didem; Akisin, Yasemin Ardicoglu; Bali, Dilara Fatma Akin; Akar, Nejat
Aim: Macrothrombocytopenia is a congenital autosomal-dominant blood disorder characterized by increased platelet size and a decreased number of circulating platelets. In this study, it was aimed to show the MYH9 and TUBB1 gene changes, which are the genes associated with the disease, in a patient with thrombocytopenia receiving beta-lactam antibiotic therapy. Material and Methods: In this study, coagulation parameters and platelet aggregation tests were performed after ingestion of a beta-lactam antibiotic in an 8-year-old boy with thrombocytopenia, the MYH9 and TUBB1 genes were scanned by PCR and DNA sequencing, and the results were subsequently analyzed using bioinformatics tools. Results: We found previously described TUBB1 polymorphisms, p.R307H , p.Q43P, p.T178T and the novel mutation p.K64A in the MYH9 gene in a boy and his mother. Changes in genes important for thrombocytopenia in a boy after taking beta-lactam antibiotics prompted us to study the same genes in the mother, since her mother had macrothrombocytopenia, and we found a new mutation in her mother Discussion: Determination of gene changes after beta-lactam antibiotic use in bleeding patients is important in terms of helping the clinic in the treatment.
Computational Analysis of Cohesin Complex Genes and their Role in the Pathogenesis of AML
(2024) Akın, Dilara Fatma; Özkan, Didem; Bourouba, Romyla
Objective: Anomalies in the cohesion complex contribute to the pathogenesis of myeloid malignancies by affecting the self-renewal capacity of hematopoietic and progenitor stem cells, but the underlying mechanisms of this phenotype are not fully understood. Therefore, this study aims to shed light on the relationship between AML pathogenesis and the cohesion complex by comprehensively determining the mutations and expression profiles in the genes constituting the cohesion complex and investigating the effect of expression on survival using bioinformatics databases and tools. Methods: A total of 96 different mutations were identified in 13 genes. Out of these 96 mutations, 26 were classified as pathogenic/oncogenic. The expression levels of STAG1, REC8, MAU2, CDCA5, and PDS5B were significantly higher in the patient group compared to the healthy group (p< .01). Survival analysis based on low and high gene expression profiles revealed that increased REC8 expression was significantly associated with survival (p= .024), which is considered a prognostic marker. In STRING analysis, it was determined that hub proteins interact with acetyltransferases ESCO1 and ESCO2 involved in sister chromatid cohesion, with TERF1, a component of the telomere nucleoprotein complex, and with PDS5A and BRCA2, which are functionally related to genetic stability and genetic recombination, respectively. Results: An increase in language outcomes, particularly in repetition, was observed following the treatments. It was also found that therapy gains were more robust following bihemispheric stimulation of the posterior temporal sites compared to the inferior frontal targets. Conclusion: Overall, none of the target genes except the mutated REC8 showed a significant and independent effect on the clinical outcome defined as overall survival. However, we have identified the diversity of genetic alterations in individual cohesin subunits through comprehensive molecular analysis. The results may be beneficial in the development of targeted drug therapies and personalized medicine approaches.
First Observation of Tubb1 Gene Mutations in Turkish Patients With Macrothrombocytopenia
(Pergamon-elsevier Science Ltd, 2016) Ozkan, D. T.; Waheed, A. A.; Kandilci, A.; Akar, N.
Koroner aterosklerozis tanısı alan hastalara nutrigenetik yaklaşımlar ve Apo E gen incelemesi
(2018) Yücelli, Esra; Özkan, Didem
Ateroskleroz, tüm dünyada en yaygın damar tıkanıklığı nedeni olup, kardiyovasküler hastalıkların altında yatan temel bir faktördür. Lipitler ile doldurulmuş arterlerin multifokal, immuno-inflamatuvar hastalığı olarak tanımlanan bu hastalıkta; arter duvarları bu yumuşak çökeltilerle kaplanır ve bunun sonucunda zamanla sertleşerek damarları darlaştırıp kan akımının engellenmesine neden olur. Ateroskleroz'da temel risk faktörleri genetik (kalıtımsal) ve çevresel olarak tanımlanmaktadır. Çevresel faktörler için de beslenme önemli bir yer tutmaktadır. Çalışmanın amacı; Türk popülasyonunda klinik olarak aterosklerozis tanısı alan hastalarda beslenme alışkanlıklarını belirlemek ve bunun doğrultusunda hastalıkla ilişkili gen olan Apolipoprotein E gen değişimlerini ilgili hastalarda saptayarak konuyla ilişkili ilk kez Türk popülasyonunda nutrigenetik yaklaşımları saptayabilmek olarak belirlenmiştir. İlgili tez çalışması, literatürde konuyla ilişkili yapılacak ilk çalışma olması açısından önem arz etmektedir. Bu çalışma iki basamaklı olarak planlanmıştır. Çalışma 30 hasta gönüllü ile yapılmıştır. İlk aşamada klinik olarak aterosklerozis tanısı alan hastalarda beslenme alışkanlıklarının belirlenmesi amaçlanmıştır. İkinci aşamada ise tanı alan hastalarda aterosklerozis ile ilişkili en önemli gen olan Apolipoprotein E (ApoE) geninin taraması yapılarak genetik değişimlerin ortaya konulması planlanmıştır. Çalışmanın sonucunda 30 gönüllü katılımcıya yapılan Apolipoprotein E geninin taraması sonucu 7 kişide mutasyon/polimorfizm görülmüştür. Çalışmaya katılan gönüllü hasta katılımcıların beslenme ile ilgili veri sonuçları SPSS 15.0 programı ile elde edilmiştir. Katılımcıların ortalama yaş değeri 61,5 yıl bulunurken, ortalama beden kütle indeksi (BKİ) değeri ise 28,72 kg/m2 bulunmuştur. Çalışmanın beslenme ile ilgili bulguları Türkiye Beslenme Rehberi (TÜBER) 2015 verileri ile karşılaştırılarak yazılmıştır. Mutasyon/polimorfizm görülen hastaların beslenme durumu incelendiğinde beslenme ile mutasyon/polimorfizm arasında bireysel olarak ilişki bulunmaktadır, ancak genele bakıldığı zaman anlamlı ilişkiler bulunamamıştır. Bu nedenle bu konu hakkında örneklerin sayısı artırılarak çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır. Anahtar Kelimeler: Nutrigenetik, Aterosklerozis, Apo E geni, Akdeniz diyeti
Pathogenic Ala303Val Mutation in the PROS1 Gene is Associated with the Pathogenesis of Deep Vein Thrombosis
(Erciyes Univ Sch Medicine, 2022) Bali, Dilara Fatma Akin; Eroglu, Tamer; Ozkan, Didem Torun
Objective: The aim of this study was to predict the functional impact of pathogenic mutations and the mRNA expression profiles of the platelet endothelial aggregation receptor 1 (PEAR1), protein S (alpha) (PROS1), and adrenoceptor alpha 2A (ADRA2A) genes in deep vein thrombosis (DVT), as well as to examine the effects of these genes on the pathogenesis of DVT. Materials and Methods: Patients diagnosed with DVT were selected for the study and healthy individuals were used as controls. Mutations in the PEAR1, PROS1, and ADRA2A genes were determined by DNA sequencing analysis and gene expressions were determined using quantitative real-time polymerase chain reaction testing. Polymorphism Phenotyping v2 (Polyphen-2: http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/), SNAP2 (https://rostlab.org/services/snap2web/) and MutationTaster (https://www.mutationtaster.org/) software were used to define the pathogenic effects of mutations detected by sequencing the selected genes in hotspot regions. Mutation and gene expression analyses were noted in the results and clinical data. Results: A total of 27 patients with DVT and 10 healthy individuals were included in the study. Twenty-one mutations were detected in the 27 patients, most often in the PROS1 gene. A p.Ala303Val mutation is located on the human sex hormone-binding globulin (SHBG) domain of mutation PROS1 and is pathogenic. A p.A303V mutation is associated with premature termination in codon 303 of the SHBG domain. Examination of the effect on the mRNA expression level of wild-type versus mutant genotypes revealed that the mutant PROS1 p.A303V expression was significantly lower (p=0.041). Conclusion: A p.A303V mutation in PROS1 might be an independent risk factor for DVT, which could provide helpful insight into the pathogenesis of DVT.
Screening of EPCR gene mutations in children with acute lymphoblastic leukemia
(Wolters Kluwer Medknow Publications, 2018) Bali, Dilara F. A.; Ozkan, Didem T.; Kurekci, Emin; Akar, Nejat
[No Abstract Available]
Screening of single nucleotide polymorphism in CD95 (APO-1/FAS) promoter region (G-1377A) in children with acute leukemia
(Wolters Kluwer Medknow Publications, 2018) Akin, Dilara F.; Ozkan, Didem T.; Kurekci, Emin; Akar, Nejat
Background CD95 is a cell surface receptor involved in apoptotic signal transmission. Deregulation of this pathway results in downregulation of apoptosis and subsequent persistence of a malignant clone. A single nucleotide polymorphism resulting in guanine-to-adenine (G>A) transition in the CD95 promoter region (position - 1377) is thought to reduce stimulatory protein 1 transcription factor binding and decrease CD95 expression. The purpose of this study is to examine a genetic polymorphism in the core promoter region of CD95 and to evaluate association between its frequency and clinical findings. Patients and methods G-1377A in the CD95 promoter region was genotyped by polymerase chain reaction and restriction endonuclease analysis finally were sequenced by Sanger Sequecing. Results Among 146 patients, CD95 G-1377A (rs2234767) single nucleotide polymorphism carriers frequencies have been identified as 25% (n=37) GA and AA 4% (n=6). This polymorphism of the distribution of the CD95 gene in children with acute leukemia will be a guide for future studies. Conclusion This polymorphism of the distribution of the CD95 gene in children with acute leukemia will be a guide for future studies. (c) 2018 The Egyptian Journal of Haematology