AKUT MİYELOİD LÖSEMİDE SWITCH/SUKROZ FERMENTE EDILEMEZ KROMATİN YENİDEN ŞEKİLLENDİRME KOMPLEKSİNİN GENOMİK GÖRÜNÜMÜ

Abstract

SWI/SNF kromatin yeniden modelleme kompleksi, hematopoietik kök hücrelerde hücre bakımı ve farklılaşma gibi süreçler için gerekli olan gen ekspresyonunun düzenlenmesinde görev alır. Hematolojik süreçlerin homeostazında yer alan SWI/SNF kompleksi alt birimlerindeki değişiklikler hematolojik malignitelerin başlamasına veya ilerlemesine katkıda bulunmaktadır, ancak bu fenotipin arkasındaki mekanizmalar tam olarak açıklanmamıştır. Çalışmada, SWI/SNF kompleksini oluşturan genlerde mutasyonların ve ekspresyon profilinin biyoinformatik araçları kullanılarak kapsamlı belirlenmesi amaçlanmıştır. AML kohortuna (n:872) ait genom dizileri ve ifade profillerine biyoinformatik araçlar aracılığı ile elde edilmiş ve analiz edilmiştir. Kompleksin alt ünitelerini kodlayan 9 gende ARID1A, ARID1B, SMARCA2, SMARCA4, SMARCE1, SMARCB1, DPF2, PMBR1 ve BCL7A belirlenen mutasyonların AML patogenezinde onkojenik/patojenik etkilerinin tahmini PolyPhen-2, SIFT ve Mutation Assessor araçları kullanılmıştır. Mutasyona uğrayan proteinlerinin fonksiyenel etkilerini anlamak için STRING aracı ile analiz gerçekleştirilmiştir. Mutasyon profili değil aynı zamanda mutasyon varlığının gen ifadesi ve sağ kalım üzerine etkileride değerlendirilmiştir. 9 gende 9 yanlış anlam, 6 çerçeve kayması mutasyon, 1 splize bölge ve 1 füzyon mutasyonu olmak üzere toplam 17 genetik anormallik belirlenmiştir. AML kohortunda ARID1A, ARID1B, SMARCA2 ve PMBR1 ekspresyon seviyelerin hasta grubunda sağlıklı gruba yüksek ve istatistiksel olarak anlamlıdır (p<0.01). Düşük ve yüksek gen ekspresyon profillerine göre yapılan sağ kalım analizi sonuçlarımızda bir farklılık görülmemiştir. STRING analizinde, hedef genlerimizin, hücre döngüsü kontrolünde görev alan PHF10 ile fonksiyonel ilişkileri bulunduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak, sonuçlarımız, ARID1A, ARID1B, SMARCA2, SMARCA4 ve PBRM1’de tespit ettiğimiz mutasyonlarının, SWI/SNF kromatin yeniden modelleme komplekslerinin fonksiyonunu bozarak AML patogenezi sırasında farklı kromatin ortamlarını içeren farklı hücresel yolları indükleyebileceği/inaktive edebileceğini düşündürmektedir.